反滲透膜清洗劑只在清洗系統污染狀況，包括系統結垢，微生物污染及物顆粒附著等，目的是為了提高反滲透膜脫鹽率，降低一二段壓差，從而延長膜的使用壽命。

酸性清洗劑一般為一種低PH值的液體配方，也有固體存在，PH值基本2.5-3.5，主要用于去除碳酸鈣和其它類結垢，適用于目前市場上絕大多數反滲透膜，中空纖維膜，納濾及超濾膜。一般情況下，酸性清洗劑會與堿性清洗劑共同使用。

堿性清洗劑是一種高PH值的液體配方，PH值一般在11左右，主要用于去除物、污泥以及其它附著于膜表面的顆粒，適用于目前市場上絕大多數反滲透膜，中空纖維膜，納濾及超濾膜。一般情況下，堿性清洗劑會與酸性清洗劑共同使用。

膜分離系統運轉期間，進水中的物會在膜表面聚積。物的出現為微生物的生長提供了環境，從而導致微生物污垢。這些污垢阻礙水流通過膜，從而導致產水量降低，操作壓力，系統出現額外壓差，從而使膜受到難以恢復的損壞。此外，膜表面下的污垢累積會使穿過膜的溶解性物質增加，從而導致產水水質變差。在產水水質變差或膜損壞發生之前，應通過現場清洗或離線清洗去除垢物。出現以下跡象時，需要進行清洗。滲透水量顯著下降，系統壓差顯著，或鹽滲透量，從而導致水質變差。